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目前溶菌酶可以以雞蛋清和蛋殼膜為材料提取制得，常用的方法有親和層析法、離子交換樹脂法、直接結晶法和聚丙烯酸沉淀法等。

親和層析法

親和層析法是利用蛋白質和酶的生物學特異性，即蛋白質或酶與其配體之間所具有的專一性親和力而設計的色譜技術。酶一底物復合物形成之后，在一定的條件下分離復合物便得到純凈的酶。常常使用的吸附劑為幾丁質及其衍生物，如：幾丁質粉、羧甲基幾丁質、幾丁質包埋纖維素、脫氨幾丁質粉、N-酰化殼聚糖、脫氨再生幾丁質凝膠。 

離子交換樹脂法

離子交換法是利用離子交換劑與溶液中的離子之間所生的交換反應來進行分離的，分離的效果較好，廣泛用于微量組分的富集。一般流程為：鮮蛋一預處理一攪拌吸附一上柱洗脫一等電點沉淀一透析一噴霧干燥一成品。