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 處于過氧化狀態的過氧化氫酶中間體的三維結構已經獲得解析，可以在蛋白質數據庫中檢索到。檢測進行中的過氧化氫酶檢測，可以觀察到氣泡。過氧化氫酶檢測是微生物學家鑒定細菌種類的主要的三種檢測手段之一，即用過氧化氫來檢測過氧化氫酶是否存在。假如細菌中含有過氧化氫酶，則在過氧化氫溶液中加入少量細菌提取物就能觀察到氧氣氣泡生成。有氣泡生成，則該菌被認為是呈“過氧化氫酶陽性”。如staphylococcus和micrococcus。沒有，則該菌被認為是呈“過氧化氫酶陰性”。如streptococcus和enterococcus。雖然過氧化氫Chemicalbook酶檢測無法鑒定特定生物體，但與其他檢測方法結合，它可以有效地幫助診斷。此外細菌中是否存在過氧化氫酶，還取決于細胞生長條件和所使用的培養基。應用過氧化氫酶在食品工業中被用于除去用于制造奶酪的牛奶中的過氧化氫。過氧化氫酶也被用于食品包裝，防止食物被氧化。在紡織工業中，過氧化氫酶被用于除去紡織物上的過氧化氫，以保證成品是不含過氧化物的。它還被用在隱形眼鏡的清潔上：眼鏡在含有過氧化氫的清潔劑中浸泡后，使用前再用過氧化氫酶除去殘留的過氧化氫。過氧化氫酶在美容業中的使用：一些面部護理中加入了該酶和過氧化氫，目的是增加表皮上層的細胞氧量。